BIM试剂盒为您分析蛋白组学常见问题

问题1：如何来判定哪些蛋白是和自己研究相关的蛋白，挑选什么样的蛋白来进行后期的验证实验？
答：需要研究人员根据自己研究的相关生物学背景，再结合生物信息学分析的结果，以及查看相关的文献资料来确认哪些蛋白可以用于后续深入的研究。
问题2：样品寄送过程，哪些需要低温？哪些需要干冰？哪些常温就可以？
答：细胞、组织、蛋白溶液、菌体等样品采用干冰运输，对于SDS-PAGE条带和2D点以及酶解好的肽段样品直接常温运输即可。可以理解为需要提取蛋白或提取好的蛋白样品（易降解）都需要低温运输，而处于凝胶中的蛋白或者是酶解好的肽段可常温运输。
问题3：哪些样品需要去除高丰度蛋白？怎么去除？是否需要费用？ 
答： ①一般情况下，血清、血浆样品中都会存在高丰度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客户是此类样品，需提前跟客户沟通好，一定需要去除高丰度蛋白；目前有成熟的试剂盒可以去除血清中的高丰度蛋白。
②体液样品，细胞培养液等样品，出现高丰度蛋白的情况也比较高，这类样品，如果出现高丰度蛋白，需要先通过质谱鉴定是否是常见免疫蛋白，然后再采用高丰度蛋白去除试剂盒进行去除。
③其他样品存在高丰度的情况不常见，如在实验过程中发现高丰度蛋白，解决方案如上。其他样品可能会出现鉴定出来的高丰度蛋白没有合适的试剂盒可以去除，这时候需要跟客户提前告知风险。
④去除高丰度蛋白的费用详见鹿明生物蛋白组报价（老客户可以直接咨询我们的销售人员）。
问题4：蛋白质组结果一般需要做哪些方面的生物信息学分析？
答：目前一般文献中的分析主要为维恩图分析、热图分析、火山图分析、层次聚类分析、蛋白质功能分析（GO分类为主）、蛋白质所属代谢通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差异蛋白互作网络构建、转录因子预测等方面。其它一些比较特异的分析包括多组数据关联分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶预测分析、互作网络及生物调控模型构建分析。
问题5：小鼠脑脊液做lable free是否需要去除高丰度蛋白，有没有案例或者介绍下蛋白组这块哪些样本需要去高丰度蛋白的;
答：需要根据样本提取蛋白后SDS-PAGE结果评估。一般血清血浆都需要除去高丰度蛋白，试剂盒成熟。其余需要根据跑胶结果来判断。
问题6：物种没有测序，能否做蛋白质组呢？
答：因为当前大量的物种已经测序，预测了相应的基因，未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究。因此，一般来说，未测序物种可以考虑近缘物种的基因组序列作为数据库，可以做蛋白质组。

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